Профсоюз законодательно наделен правом осуществлять контроль за состоянием охраны труда (ОТ), защищать права и интересы своих членов на достойные условия и безопасность труда. Эволюционное развитие системы управления ОТ труда в Академии наук прекратилось в 2014 году с передачей подведомственных РАН организаций сначала в ФАНО, а затем в Минобрнауки. В этих структурах вопросы безопасности труда отошли на второй план.

Службы ОТ в научных организациях остались без методической поддержки, из них начали уходить квалифицированные сотрудники, многие новые руководители институтов перестали уделять должное внимание этому вопросу. Понимая остроту проблемы, Профсоюз работников РАН в 2015 году сформировал техническую инспекцию труда и добился включения в межотраслевое соглашение вопросов о размере финансирования мероприятий по ОТ, гарантиях и компенсациях работающим во вредных и опасных условиях. Соглашением были установлены и выполнялись взаимные обязательства партнеров в части предоставления необходимой информации о состоянии охраны труда и уровне производственного травматизма в организациях науки. В регионах возобновилась работа по пропаганде модели нулевого травматизма. Так, в Профсоюзе СО РАН и Территориальной профсоюзной организации Томского научного центра СО РАН проводятся смотры-конкурсы по ОТ.