Практически с момента своего основания Профсоюз активно содействует решению жилищных проблем своих работников. Участие его в этой работе законодательно закреплено в Межотраслевом соглашении по подведомственным Минобрнауки организациям на 2021-2023 годы. В пункте 9.1.2. соглашения записано, что профсоюзы принимают участие в деятельности жилищных комиссий организаций и Минобрнауки по трем направлениям — предоставлению работникам жилья; распределению денежных средств, выделяемых на социальные выплаты (жилищные сертификаты) молодым ученым; составлению списков работников, имеющих право быть принятыми в члены социально-ориентированных жилищно-строительных кооперативов. Наряду с «тремя китами» ведомственной жилищной программы, в рамках которой квартирный вопрос только за последние 15 лет решили порядка 15 тысяч человек, Профсоюз инициировал ряд уникальных пионерских проектов. В Нижнем Новгороде с использованием жилищных облигаций Нижегородской области была реализована схема кредитования работников, позволившая в 1994-1998 годы улучшить жилищные условия порядка ста человек. В Новосибирске в начале 2000-х на основе схемы «квартирных цепочек» вырос целый квартал жилых домов в центре Академгородка и было проведено перезаселение квартир, освобождаемых участниками «цепочек».

Профсоюз вносит свою лепту в совершенствование нормативной базы по жилью (чаще всего в правила предоставления социальных выплат молодым ученым), активно участвует в деятельности Жилищной комиссии Минобрнауки России, оказывает бесплатную информационную и консультационную поддержку своим членам по участию в ведомственной жилищной программе. При активном участии молодых ученых Жилищной комиссии удалось добиться отмены законопроекта, который предполагал использование ГЖС только на рынке первичного жилья.