Профсоюз добивался важных для своих членов результатов не только благодаря массовым акциям, но и в ходе кропотливой работы в консультативных органах, рабочих группах, общественных советах в рамках социального партнерства с работодателями – Российской академией наук, Федеральным агентством научных организаций (ФАНО), Министерством науки и высшего образования.

Сотрудничество с РАН до 2013 года, когда Академия наук в результате действий «реформаторов» потеряла подведомственные институты, строилось на основе Отраслевого соглашения. В нем были прописаны наиболее важные социально-трудовые гарантии, в частности недопущение масштабных сокращений. Участие представителей Профсоюза в работе Комиссии по совершенствованию структуры РАН позволило не допустить в ходе проводившейся по инициативе правительства модернизации академии необоснованных сокращений числа институтов и количества сотрудников.

В тесном взаимодействии с Профсоюзом руководство РАН ввело с 2006 года новую систему оплаты труда, а в 2008-2010 годах реализовало пилотный проект по увеличению зарплат ученых. С подачи Профсоюза уменьшение числа бюджетных ставок на 20 % было проведено в основном за счет вакансий и перевода части сотрудников на внебюджетное финансирование. Была достигнута договоренность, что на следующем этапе пилотного проекта будут увеличены оклады других категорий работников, но грянула «реформа» РАН. После 2013 года отношения Профсоюза с РАН строятся на основе Соглашений о сотрудничестве. Последнее по времени было заключено в сентябре 2019 года.

Благодаря участию в работе комиссий Минобрнауки над изменениями в Трудовой кодекс в части совершенствования механизмов регулирования труда научных работников и руководителей научных организаций, а также над приказами министерства об утверждении порядка проведения конкурсов и аттестаций научных работников Профсоюзу в 2004-2005 годах удалось добиться сохранения трудового договора на неопределенный срок, увеличения временного интервала между аттестациями до пяти лет, исключения возрастного ценза для заведующих научными подразделениями, участия представителей профсоюза в аттестационных и конкурсных комиссиях. Именно поэтому многие сотрудники институтов РАН имеют бессрочные трудовые договоры. После переподчинения академических институтов Федеральному агентству научных организаций Профсоюз стал одним из учредителей бессрочной Конференции научных работников РАН и Комиссии общественного контроля за ходом и результатами реформ в сфере науки – органов, посредством которых ученые оказывали влияние на научно-техническую политику. Комиссия провела в 2013-2015 годах три сессии «Настоящее и будущее науки в России», в которых принимали участие чиновники, руководившие исследовательской сферой и широкая научная общественность. Обсуждались вопросы участия РАН и ФАНО в управлении академическими институтами (правило «двух ключей»), проблемы, связанные с финансированием науки и распределением средств между НИИ, механизм реструктуризации академической сети. Руководители ФАНО и Минобрнауки следовали достигнутым на этих мероприятиях договоренностям.

Профсоюз конструктивно взаимодействовал с руководством ФАНО, что позволяло ему участвовать в подготовке принимаемых агентством документов и оперативно решать многие актуальные для научных коллективов вопросы. В 2018 году ФАНО было ликвидировано и социальным партнером Профсоюза стало Министерство науки и высшего образования РФЭ в ведение которого перешли академические институты. В 2021 году между Профсоюзом работников РАН, Профсоюзом работников агропромышленного комплекса, Профсоюзом здравоохранения с одной стороны и Минобрнауки с другой было подписано Межотраслевое соглашение по организациям, подведомственным Министерству науки и высшего образования Российской Федерации, на 2021-2023 годы.

Представители Профсоюза приглашаются на заседания коллегиальных органов министерства, включаются в состав комиссий и рабочих групп. Руководители министерства участвуют в мероприятиях профсоюза и общаются с профактивом.